Temelji zapadnoga zida crkve svetog Mihovila povezani su sa zidom opatije koja se nalazi u njegovu produžetku s druge strane. Na tom zidu i susjednim zidovima vide se tragovi pregrađivanja, a riječ je o ostacima opatijskoga zdanja koji je građen istovremeno kada i crkva (krajem prve polovice XI. stoljeća). Negdje u XIII. stoljeću podignuto je južno krilo opatijskoga zdanja koje se prema dvorištu (klaustar) diže na nekoliko lukova primjerene veličine. Stupovi na kojima počivaju arkade imaju kvadratne kapitele. Prolaz s polukružnim lukom, kao i lom zida s istočne strane lukova, ukazuje na činjenicu da je ispred crkve bilo još jedno krilo klaustra s nekoliko arkada, i to samo s krovnim trijemom, ali bez stambenog prostora. Sa zapadne strane postojalo je još jedno krilo opatijskoga zdanja zajedno s arkadama klaustra, ali je ono porušeno gradnjom neoklasicističkoga dvorca. Dva luka ovih arkada nalaze se ugrađeni kao pojasni lukovi ranosrednjovjekovnog svoda prvokršćanske crkve Svete Marije. Dva ulomka pluteja koji potječu s crkvenoga namještaja crkve svetog Mihovila, a ugrađeni su na prijelazu pilastra u pojasni luk u starijoj crkvi svete Marije, dokazuju da je spomenuti pojasni luk arkada klaustra u crkvicu svete Marije dospio nakon što je crkva svetog Mihovila bila napuštena, a tom je prilikom ostala i bez crkvenoga namještaja. U središnjem dijelu klaustra nalazi se krunica stare vodospreme (cisterne). Njezin romanički vijenac lijepo je profiliran i na njoj je stilizirano klesan grb kamaldoleza na kojemu dvije golubice piju iz kaleža. Tijekom XVI. stoljeća u klaustru se nalazio zvonik koji je kasnije porušen pa ni danas ne postoji.