Prvi materijalni tragovi kršćanstva u Vrsaru razabiru se upravo od IV. stoljeća i oni stoje u neposrednoj uzročno-posljedičnoj vezi s donošenjem Milanskog edikta. Moguće je, međutim, da su kršćanske zajednice u Vrsaru postojale i ranije, još tijekom III. stoljeća, ali da su, usporedno s donošenjem Milanskog edikta, izišle iz ilegale i prikrivenosti svojega života i djelovanja. Rustični ladanjsko-gospodarski kompleks u vrsarskome pristaništu vrlo je brzo po donošenju Milanskog edikta pretvoren u prvokršćanski sakralni kompleks prepoznatljiva arhitektonskog sloga prvokršćanskih bogomolja. U gradnji pojedinih dijelova ovoga kompleksa razabire se širenje i jačanje ovdašnje zajednice prvih kršćana. Ta ista prvokršćanska zajednica podignula je i najstariju crkvu na otoku Sveti Juraj. Riječ je o staroj kasnoantičkoj crkvi podignutoj u IV. stoljeću (po donošenju Milanskog edikta), također na mjestu gdje je ranije postojala rimska rustična građevina, a koju su prvi vrsarski kršćani prethodno otkupili. Na njezinu mjestu tijekom ranog srednjega vijeka bit će podignuta nova crkva istoga titulara.
U bizantsko doba, u vrijeme izdavanja Eufrazijeve povlastice 543. godine porečka je Crkva bila u potpunosti ustrojena – tada postoji Porečka biskupija s biskupom na čelu i kanonicima za čije uzdržavanje ribari daju trećinsko podavanje od ulovljene ribe u Limskom zaljevu. Premda o tome ne postoje pisani ni materijalni tragovi, vjerojatno je u bizantsko doba u Vrsaru postojala crkvena organizacija kojoj je na čelu bio prezbiter podložan porečkome biskupu.
U srednjem je vijeku, pod jakim utjecajem franačkih redovnika (benediktinaca), obnovljena tradicija kršćanstva na ovim prostorima. Benediktinske opatije u Istri većinom se pojavljuju tijekom VIII. i IX. stoljeća, a jedna takva opatija razvija se u Vrsaru – na mjestu prvokršćanskoga kompleksa posvećenog Blaženoj Djevici Mariji. Prvi je znamen pokrštenosti područja u ovome radu već nekoliko puta spomenut pleterni ornament iz crkve svetog Jurja (to je druga crkva na ovome otoku, budući da je ona starija, iz IV. stoljeća, porušena tijekom avarsko-slavenskih provala) na istoimenom otoku te, usporedo s njime, ostale ranoromaničke crkve: svetog Martina na istočnom prilazu Vrsaru i svetog Petra (stare crkve na mjestu današnje crkve svetog Petra od Flabana i vrsarskoga groblja).
Smatramo da se najstarija naznaka vrsarske župe spominje u darovnoj buli pape Aleksandra III. porečkome biskupu Ivanu iz 1178. Godine, koja spominje: ecclesia de Vrsario cum capellis suis (crkva u Vrsaru skupa s njezinim crkvama). Ecclesia je uvijek naznaka crkve u smislu crkveno-upravne jedinice u čijem se sjedištu nalazi župna crkva. Naznaka capellis suis upućuje na to da je župna crkva imala filijalne crkve (capellae suae) koje su najvjerojatnije bile poljske crkvice smještene extra muros Vrsara. U teritorijalnom smislu vrsarska je župa podudarna s područjem Vrsarske grofovije koja se ogleda u teritorijalnom obuhvatu današnje katastarske općine Vrsar.
Drugi čimbenik crkvene vlasti u Vrsaru do 1778. godine i ukinuća Vrsarske grofovije bio je porečki biskup. Premda je on u Vrsaru imao biskupske ovlasti kao i drugdje u Porečkoj biskupiji, bio je vrhovni vlasnik Vrsarske grofovije i ovdašnji apsolutni feudalni gospodar kojemu je pripadala i civilna jurisdikcija, stoga je njegov crkveni položaj bio iznimno jak. K tome, biskupi su tijekom povijesti vrlo često boravili u vrsarskome kaštelu čime je najviša biskupijska crkvena vlast de facto bila prisutna u Vrsaru.
Treći čimbenik crkvene vlasti čini redovnička zajednica najprije benediktinaca, pa zatim karmelićana. Nije poznato stoljeće kada su se karmelićani nastanili u Vrsaru, ali sigurno je riječ o dobu prije terezijansko-ivanovske obnove (najvjerojatnije su došli u Vrsar u XIII., no postoje i mišljenja da je riječ o XI. i XII. stoljeću). A. Šonje njihov dolazak povezuje s bijegom iz Palestine pred arapskim osvajanjima. Karmelićani su ostali u Vrsaru do XVII. stoljeća, kada ih nasljeđuju franjevci opservanti (1631.-1660.). Povod odlaska karmelićana bio je spor oko vlasništva samostanskog kompleksa u doba biskupa Gianbattiste de Giudicea. Franjevci su u cijelosti obnovili kompleks, barokizirali pripadnu crkvu, izgradili spremište za poljoprivredne proizvode te izradili tijesak za vino i mlin za masline.
Poseban biljeg vjerskom životu europskoga srednjovjekovlja dale su bratovštine (hrv. brašćine, lat. confraternitates, fraternitates, tal. scuole). Srednjovjekovne bratovštine nastaju u XII. stoljeću iz starih kršćanskih bratstava. Osnivanjem novih, prosjačkih, redova (franjevačkoga, dominikanskoga) i djelovanjem bičevalačkoga (flagelantskoga) pokreta u Italiji u XIII. stoljeću, dolazi do preporoda kršćanskoga života. Bratovštine su u razdoblju između XII. i XV. stoljeća obuhvaćale gotovo dvije trećine aktivnoga gradskog stanovništva i bile su osnova za organiziranje župa u gradovima i selima. Iz naziva određenih bratovština uočava se kako je njihovo okupljanje bilo usko povezano s gradskom četvrti u gradovima ili župom na selima i u manjim gradovima. Lokalna (župna) crkva bila je središte bratovštine, a svetac kojemu je crkva posvećena – njezin zaštitnik. u Vrsaru spominju se bratovštine Presvetog Sakramenta, Trećeg reda, Blažene Djevice Marije od Milosti, svetog Jurja svetog Andrije, svetog Antuna i svetog Franje Asiškoga. Prema navodima iz građe župnog arhiva, Bratovštine Presvetog Sakramenta i svetog Franje Asiškog najstarije su vrsarske bratovštine, a postojale su i prije 1800. godine. Smatramo da je najstarija bratovština vjerojatno bila ona svetoga Jurja koja je upravljala istoimenom crkvom i u čijem je vlasništvu bio cijeli otok Sveti Juraj. Bratovština svetog Andrije sigurno je postojala u prvoj polovici XIII. stoljeća. Najstariji diplomatički spomen stare crkve svetog Andrije pada u 1226. godinu, ali je zdanje zasigurno bilo i starije.
Danas u župi Vrsar djeluje župnik koji rezidira u Vrsaru, u obnovljenoj župnoj kući spojenoj sa župnom crkvom. Od 1993. godine i poziva tadašnjeg vrsarskoga župnika Ivana Jelovca u župi djeluju redovnice Klanjateljice Krvi Kristove. One održavaju crkvu i brinu za nju te u svakom pogledu svojim apostolatom daju doprinos župi: vjeronauk u školi, župna kateheza, animiranje liturgije i vođenje crkvenog zbora, sakristanska služba, rad s Molitvenom zajednicom Krvi Kristove i djecom. Zajednica je posvećena bezgrešnom začeću Blažene Djevice Marije. Župni arhiv potječe iz 1562. (knjige) i 1676. godine (spisi). U župnom arhivu nalaze se bratovštinski spisi, popisi članova bratovština, spisi i popisi redovnika te različite knjige računa. Župa ima iscrpnu kroniku. U župi se nalazi jedno groblje, uz crkvu svetog Petra od Flabana, dok se starije groblje nalazilo oko crkve Navještenja Blažene Djevice Marije.