Crkva Majke Božje prvokršćanska je crkva koja se nalazila u vrsarskome pristaništu, jugoistočno do postojeće crkve Navještenja Blažene Djevice Marije. Ova crkva nije postojeća, a njezine ostatke otkrio je, istražio i opisao M. Mirabella Roberti 1935. godine (objavljeno 1944.). Crkva Majke Božje najstariji je dio ovoga kompleksa koji je iznikao na rustičnoj arhitekturi iz IV. stoljeća. Sama crkva bila je tipična prvokršćanska kasnoantička bazilika duga 15,2 m i široka 9,3 m. Imala je pačetvorinast tloris s koso položenim pročelnim zidom. Kasnije je (prema M. Mirabelli Robertiju u V., a prema B. Marušiću i A. Šonji u VI. stoljeću) crkvi dograđena izbočena apsida koja je s unutarnje strane imala polukružan oblik, dok je s vanjske strane bila poligonalna. Pod apside bio je povišen za dvije stube od poda crkvenog prostora. Konha apside bila je izrađena s duguljastim amforicama, dok konstrukcija sigurno postojećeg trijumfalnog luka nije u cijelosti razriješena (nije jasno je li počivao na stupovlju ili se upirao o zid). Narteks, odnosno ulazni trijem bazilike (usko pravokutno predvorje uz pročelje, određeno za nekrštene i pokajnike) protezao se duž cijele pročelne strane crkve. U blizini narteksa pronađen je 1969. godine antički zid s natpisnim nadgrobnim spomenikom koji je obrađen u prethodnom poglavlju ovoga rada o antičkom dobu. Ulaz u crkvu s vanjske strane bio je flankiran dvjema lezenama koje su pojačavale konstrukciju zida kod glavnog ulaza u crkvu. Pod crkve bio je ukrašen mozaikom, no njegov opis sadržan je u zasebnom poglavlju u ovoj knjizi koji je posvećen vrsarskim mozaicima. S obzirom na mozaičke ukrase, donošenje Milanskog edikta 313. godine i stilska obilježja arhitekture, M. Mirabella Roberti smjestio je gradnju crkve u drugu četvrtinu IV. stoljeća. A. Šonje navodi da se najstariji oltar ove crkve nalazio na njezinoj sredini, kako je to bio običaj u IV. stoljeću, da je bio drven i pokretan, budući da su tek kasniji vjerski propisi, iz druge polovice IV. stoljeća, odredili da oltar mora biti kameni.
Cijelom dužinom crkve s njezine desne strane (gledano od svetišta prema vratima), odnosno sa sjeverne strane, protezala se duguljasta pokrajnja prostorija koja se naziva prothesis. S južne strane nalazio se prostrani diaconicon, prostorija koja odgovara današnjem poimanju sakristije. Crkvi su bile prigrađene još dvije prostorije, od kojih je jedna služila kao spremište za vodu, a druga za ritualno pranje svećenstva prije obavljanja obreda. M. Mirabella Roberti utvrdio je postojanje poligonalnog catechumeneuma (krstionice) sa zapadne strane, dok su se na jugoistočnoj strani kompleksa nalazile stambene prostorije.